پس از اینکه کمیسیون اصل 90 در گزارشی با نام گزارش فساد در فوتبال اتهاماتی را به فدراسیون فوتبال و زیرمجموعه‌اش نسبت داد، این فدراسیون نیز با تشکیل کمیته‌ای تحت عنوان روشنگری مسائل فوتبال کشور اقدام به تهیه پاسخ به گزارش اصل نود کرد. از آنجا که حتی برخی از نمایندگان مجلس اظهار کرده بودند که فدراسیون فوتبال اگر پاسخی داشت تا الان آن را ارائه کرده بود، در این رابطه فدراسیون فوتبال با تهیه یک پاسخ مفصل در 63 بند، پاسخ تک تک مواردی را که در  گزارش کمیسیون اصل 90 آمده بود با ذکر جزئیات داده است.اگرچه این جواب بصورت رسمی منتشر نشده است اما خبرگزاری فارس فرازهایی از آن را روی خروجی خود قرار داده است.

آنها در ابتدا به حضور شاه حسینی در تهیه این پرونده معترض شدند. رییس سابق کمیته انضباطی فدراسیون که با اختلاف فدراسیون را ترک کرد؛در این رابطه فدراسیون فوتبال معتقد است که کمیسیون اصل 90 از کارشناسی استفاده کرده که قبلا در فدراسیون فوتبال مسئولیت داشته و هم‌اکنون منتقد این تشکیلات است و این گزارش به نوعی مغرضانه بوده و فضای عمومی کشور و ذهن بیشتر نمایندگان مجلس را بی‌دلیل علیه فوتبال تحریک کرده است.

همچنین فدراسیون فوتبال در پاسخ طولانی خود دانش و سطح آگاهی نگارنده گزارش را در هر 50 و چند موردی که در جواب‌های خود آورده، زیر سوال برده و معتقد است فردی که این گزارش را نوشته نه آیین‌نامه‌ها را می‌دانسته و نه به اصول بین‌المللی اداره تشکیلات فوتبال آگاه بوده و نه به نحوه اداره باشگاه‌ها و فدراسیون‌ها اشراف داشته و به همین دلیل توصیه‌هایی که در انتهای گزارش کمیسیون اصل 90 آمده تماما با استانداردهای بین‌المللی فوتبال در تعارض است چون گزارش مملو از آمارهای اشتباه، توصیه‌های غیرمتعارف و خارج از اصول این ورزش بوده است.

فدراسیون فوتبال همچنین به دلیل اینکه ترکیب کمیسیون اصل نود اساساً یک ترکیب سیاسی و اجتماعی بوده و هرگز ورزشی نیست معتقد است که آنها باید دقت بیشتری در انتخاب کارشناس مرتبط با موضوع انجام می‌دادند که این همه تناقض در گزارش نسبت به واقعیات دیده نشود. این گزارش بیشتر به طرف موارد مورد علاقه کارشناس که مسائل انضباطی، حقوقی بوده، سوق داده شده است.

در این گزارش فدراسیون فوتبال به نوعی تلاش کرده تا ثابت کند یکی از بهترین مدیریت‌های چند سال اخیر فوتبال را داشته و آنچه که به عنوان سؤمدیریت و فساد در فوتبال اعلام شده، آن چیزی نیست که در گزارش پرونده فساد در فوتبال کمیسیون اصل 90 وجود دارد.

علت اصلی منتشر نشدن این پاسخ برخورد زمانی با انتخابات مجلس شورای اسلامی بوده و به نظر می‌رسد به محض پایان انتخابات و مشخص شدن نتایج کامل آن ،فدراسیون گزارش خود مبنی بر پاسخ به پرونده فساد در فوتبال را به منظور تنویر افکار عمومی به طور کامل منتشر خواهد کرد.