بر اساس جداول منتشرشده از بودجه ۱۴۰۳ بودجه پیشنهادی دولت برای موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی بیش از ۴۳۷ میلیارد تومان است. این رقم در لایحه بودجه سال گذشته، ۱۴۱ میلیارد تومان بوده که افزایش بیش از ۳ برابری را تجربه کرده است. البته در همان سال نیز مجلس از رقم پیشنهادی دولت فراتر رفت و بودجه  ۲۶۸ میلیارد تومانی برای این موسسه تصویب کرد. 

 به گزارش «انتخاب»؛ نگاهی به جدول بودجه سال ۱۴۰۰ که آخرین لایحه بودجه پیشنهادی دولت روحانی است، نشان می دهد دولت بودجه ۲۳ میلیارد و ۵۰۰ میلیون تومانی برای موسسه مصباح در نظر گرفته بود اما مجلس آن را به ۲۸ میلیارد تومان افزایش داد. رقم پیشنهادی دولت رئیسی برای این موسسه در سال جاری ۴۳۷ میلیارد تومان است که مقایسه رقم مصوب سال ۱۴۰۰ با رقم پیشنهادی لایحه بودجه ۱۴۰۳ نشان می دهد، دولت رئیسی در سومین سال خود، بودجه این موسسه را نسبت به آخرین بودجه دولت روحانی، ۱۵.۵ برابر کرده است.  همچنین بر اساس گزارش مرکز پژوهش های مجلس، میانگین رشد مجموع اعتبارات دستگاه های بررسی شده حوزه آموزش عالی، تحقیقات و فناوری شامل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و دانشگاه ها و سایر مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی وابسته به آن معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و دستگاه های وابسته به آن، جهاد دانشگاهی و زیرمجموعه های آن، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی و سایر مؤسسات تحقیقاتی وابسته به آن نسبت به سال سال قبل حدود ۳۳ درصد برآورد شده است که از نرخ تورم حداقل ۷ درصد کمتر است(نرخ تورم در اسفند ۱۴۰۲ حدودا ۴۱ درصد بوده است) و این اعتبارات کفاف هزینه های این دستگاه ها را در سال ۱۴۰۳ نخواهد داد. این درحالی است که موسسه مصباح نسبت به سال گذشته خود بودجه ۱.۶ برابری را تجربه کرده است.

 در همین راستا، بررسی‌های خبرنگار انتخاب نشان می‌دهد که بودجه‌ی موسسه‌ی مصباح یزدی، طی ۲۰ سال ۴۰۰ برابر افزایش یافته است.   در حالی که به دلیل تحریم‌ها، کشور در تنگنای مالی قرار گرفته و دولت اخذ مالیات از مردم را شدیداً افزایش داده و به نوعی سیاست ریاضت اقتصادی در قبال مردم پیش گرفته است، اما نهادهایی نظیر موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی نه تنها مشمول این ریاضت نشده بلکه افزایش تصاعدی بودجه آنها سبب شده که تحریم ها برای آنها اساسا بی اثر شود.