معاون برون مرزی و جانشین وزیر اطلاعات در دوران علی فلاحیان، وزیر کشور در دولت اول محمود احمدی‌نژاد، رئیس سازمان بازرسی کل کشور در زمان ریاست هاشمی شاهرودی بر قوه قضائیه و وزیر دادگستری در دولت اول حسن روحانی  از فعالیت‌های اجرایی وی بوده ‌است. او هم‌اکنون مشاور رئیس قوه قضائیه و دبیرکل جامعه روحانیت مبارز است.
بیوگرافی مصطفی پورمحمدی
پدر مصطفی پورمحمدی، مرحوم حاج‌ حسين‌ پورمحمدي‌ (شرافت) اصالتاً اهل شهر رفسنجان و مادرش منصوره‌ السادات‌ مدرسي‌ سريزدي،‌ یزدی بود. پدرش در قم خیاط روحانیون بود. عموی او عباس پورمحمدی از روحانیون مشهور رفسنجان و پسر عموی او اصغر پورمحمدی از مدیران برجسته و سابق صدا و سیما است.
پدر وی خياط بود و لباس‌ آقایان روحاني را می‌دوخت و اگرچه يك‌ شاغل‌ معمولي‌ بود،‌ اما به‌ دليل انس‌ با علما، به‌ مسائل‌ فرهنگي‌، كتاب‌، مجالس‌ سخنراني‌ و ‌محافل علمی و اسلامي‌ علاقه‌مند بود و با آن‌ها‌ ارتباط‌ داشت. او روحيه‌‌ای انقلابي‌ داشت‌ و در‌ حوادث انقلاب،‌ بخصوص‌ ماجرای پانزده خرداد‌ 1342 و پس‌ از آن‌ پرتحرك‌ بود. 
مادرش‌ از خانواده عالمان قم و از نوادگان‌ حضرت‌ آيت‌ الله العظمي‌ حاج‌ شيخ‌ عبدالكريم‌ حائري‌ يزدی بود. او علوم دینی را در حوزه علمیه خوانده و چند سالی هم در درس خارج فقه و اصول، در محضر عالمان قم، تلمذ کرده بود. مصطفی پورمحمدی دارای چهار فرزند است.
تحصیلات مصطفی پورمحمدی 
مصطفی پورمحمدی مقدمات و سطح عالی (فقه، اصول فقه و فلسفه) را در قم در مدرسه حقانی و خارج فقه و اصول را در مشهد، قم و تهران به پایان رساند. پورمحمدی در سطح چهار فقه و حقوق اسلامی (معادل دکترا) در حوزه علمیه تحصیل کرده‌ است.
مصطفی پورمحمدی می‌گوید: من، در چنین خانواده‌ای، با فضا و مسائل‌ انقلابي‌، سياسي‌ و دینی انس گرفتم. فراموش نمی‌کنم‌ بعدازظهرها که، دست در دست پدر، به خیاط خانه کوچک او می‌رفتم، شنیدن مباحث داغ سياسي‌ عليه‌ رژيم‌، چقدر برایم جذاب بود. در مسائل‌ اخلاقي‌ و تربيتي‌ هم‌‌ همين‌ معاشرت‌‌ها مرا در فضایی روحانی قرار می‌داد.
حضور در نماز جماعت عالم ربانی، مرحوم آيت‌ الله بهجت، در ‌مسجد فاطميه‌ قم‌‌ در محله‌ «گذرخان‌‌»‌، کودکی های مرا با معنويت‌ خاصي‌ می‌آمیخت. سال‌ 45-44 مرا، به عنوان‌ مستمع‌ آزاد، در کلاس اول مدرسه‌ جعفري‌ قم گذاشتند. اگرچه آن سال در سن قانونی تحصیل نبودم، ولی به دلیل درک توانایی‌ من از سوی مدیر مدرسه، سال اول ابتدایی را با همکلاسی های بزرگ‌تر از خودم خواندم. کلاس دوم و سوم را هم در قم گذراندم. بعد از آن به تهران آمدیم. آن سال‌ها پدرم‌ با يكي‌ از عموهايم، که در تهران تجارتی به هم زده بود، ‌شراكت داشت ‌و ما نیز بناچار در محله سراسیب دولاب و بعد در حوالی خیابان پیروزی، پایتخت نشین شدیم. دو سه سالی در تهران بودم. اين‌ سال‌های تهران نشینی برایم ‌بياد ماندني‌ بود. در مدرسه تابش، وضع‌ تحصيلي‌ و معلمان خوبی داشتم. مادرم‌ زندگی در تهران‌ را خوش نمی‌داشت و پدرم‌ هم‌ در کسب و کار جدیدش، گرفتار مشكلاتي‌ شد و بد آورد؛ پس به وطن مألوف خودمان، قم، برگشتیم و‌ پدر دوباره‌ با شغل سابقش آرام گرفت. بازگشت به قم براي‌ من اسباب‌ توفيق‌ بزرگي‌ شد و زمینه طلبه شدنم را فراهم کرد.
براي‌ تكميل‌ دوره‌ دبستان‌ نظام‌ قديم،‌ در مدرسه‌ اميركبير قم‌‌ ثبت‌ نام‌ كردم‌‌ که از مدارس‌ قديمي‌ و معتبر آن سامان بود. آن سال در امتحانات نهایی، دوم شدم. ذهنيت‌ و علاقه‌اي‌ كه‌ از كودكي‌ در من‌ ايجاد شده‌ بود، سبب‌ شد سال‌ بعد براي‌ شروع‌ درس‌ طلبگي‌ آماده شوم.
مدرسه‌ حقاني‌ در آن روزگار، به نظم علمی و داشتن روحیه انقلابی معروف‌ بود. سال 1350 مدرسه حقانی طلبه جدید ثبت نام نمی کرد؛ بنابراین، سال اول طلبگی را در مدرسه آیت الله العظمی گلپایگانی خواندم. همزمان‌ با درس‌ طلبگي‌، و به تشویق پدرم،‌ در‌ دبيرستان‌ شبانه‌ هم ثبت نام کردم. ‌سال‌ بعد وارد مدرسه حقاني‌ شدم‌. كار طلبگي‌ جدي‌ من‌ با تحصيل‌ در‌ این مدرسه شروع‌ شد. گلستان سعدی، اعتقادات، ادبيات‌ و صرف‌ و نحو و حفظ‌ قرآن، از جمله دروسی بود که ما در سال اول در این مدرسه دورانساز می خواندیم. از خوش اقبالی من بود که در همان‌ سال‌ اول،‌ با چهره‌ مصمم‌، منضبط‌، دقيق‌، مقيد و تأثیرگذار مرحوم‌ "آيت‌ الله قدوسي"‌ آشنا شدم‌.
در مدرسه حقانی و در سال های نخست طلبگی، کتاب های مرسوم حوزوی در منطق و ادبیات و تاریخ‌ و معارف و فقه و اصول فقه را خواندم. طلاب مدارس علمیه، پس از تحصیل مقدمات علم دینی، از مدرسه بیرون آمده، به انتخاب خود، در یکی از درس های آزاد حوزه شرکت می کنند. من در دورس آزاد، یک جلد از اصول‌ فقه،‌ نگاشته مرحوم مظفر، را ‌با «آيت‌الله جنتي» و سال ها بعد، بخش از «كفايه الاصول»‌ «آخوند خراسانی» را با «مرحوم آيت الله‌ فاضل‌ لنكراني» خواندم. 
بخش دیگر کفایه را بعدها در سال 1361و زمانی که دادستان استان خراسان شدم، به پایان بردم. ‌در آن سال های بابرکت، آقايان‌ طاهري‌ خرم‌ آبادي،‌ نهج‌ البلاغه و خزعلي‌ تفسير می گفتند. سه سال‌ در درس تفسیر آیت الله خزعلی در مسجد آبشار قم شرکت کردم.
پیش از پیرزوی انقلاب‌، بر حسب مدارج حوزوی، در اواخر دوره سطح‌ تحصیل می کردم.‌ پس از انقلاب، تحصیل در دوره خارج فقه و اصول را در مشهد آغاز کردم. با آيت‌ الله شاهرودی، فقه و با آقا سيد علي ‌اصغر علم‌ الهدي‌، دو سال‌ خارج‌ اصول‌ خواندم.‌ علم‌ الهدي‌، از عالمان‌ دقيق‌النظر حوزه‌‌ مشهد و از شاگردان‌ ممتاز آيت‌ الله ميلاني‌ بود و در سبك‌ و سياق مرحوم‌ كمپاني‌ بزرگ درس‌ مي‌گفت.
پس‌ از آن‌، يك‌ سال‌ تحصيلي ‌‌(1365) به قم‌ آمدم‌ و به‌ درس‌ فقه آيت‌ الله منتظري‌ رفتم‌. موضوع بحث ایشان، احكام‌ سلطانيه و زکات، از مباحث‌ حكومت‌ اسلامي‌ و ولایت فقیه، بود. در همان سال، در درس‌ فقه الطهاره ميرزا جوادآقا تبريزي‌ و اصول آیت الله مؤمن قمی حاضر می شدم.
پس از خروج از وزارت اطلاعات در دولت آقای خاتمی، تا زمان رحلت استادم مرحوم آیت الله حاج‌ آقامجتبي‌ تهراني، پیوسته در درس پربار و دوست داشتنی اصول‌ و فقه‌ ايشان‌ شركت‌ کردم‌.
از سال 79 تا 84 در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد فلسفه سیاسی در دانشگاه امام صادق (ص)، مبانی نظری حکومت دینی و فقه سیاسی تدریس کردم. پس از آن در مدرسه مروی برای طلاب، فقه می‌گفتم.
در سال 1380 مدرک علمی سطح چهار (معادل دکترا) از حوزه قم دریافت کردم. در همین سال‌ها مقالات و نیز دو جلد کتاب در موضوع "مبانی نظری اندیشه سیاسی در اسلام" نوشتم. اگرچه مسئولیت های اجرایی پی در پی، نگذاشت، چنانکه دوست می داشتم، درس بخوانم، اما جذبه درس خواندن به شیوه طلبگی و سروکارداشتن با کتاب، تا امروز مرا رها نکرده‌است.
تالیفات مصطفی پورمحمدی
او مؤلف دو جلد کتاب در رابطه با حقوق سیاسی، مبانی نظری اندیشه سیاسی در اسلام و مباحث سیاسی و اجتماعی است. وی همچنین مقالاتی علمی پیرامون حق، مبانی نظری حکومت دینی، نظارت، ارتداد و سیاست خارجی نگاشته ‌است.

وزیر کشور دولت نهم
پورمحمدی در تاریخ ۲۳ مرداد ۱۳۸۴ از سوی محمود احمدی‌نژاد رئیس‌جمهور وقت ایران برای تصدی وزارت کشور به مجلس معرفی و در اردیبهشت ۱۳۸۷ از این مقام برکنار شد. پورمحمدی در جریان دفاعیه خود در مجلس نهم برای تصدی وزارت دادگستری، دلیل برکناری خود را اعتراض به اختلاس‌های گسترده در دوره ریاست جمهوری احمدی‌نژاد دانست.
وزیر دادگستری دولت یازدهم
وی در تاریخ ۲۴ مرداد ۱۳۹۲ از مجلس شورای اسلامی رأی اعتماد گرفت و وزیر دادگستری دولت یازدهم شد.
انتخابات مجلس خبرگان
پورمحمدی در سال ۱۳۹۴ برای انتخابات مجلس خبرگان از استان البرز کاندیدا شد که صلاحیت وی مورد تأیید شورای نگهبان قرار نگرفت.
پورمحمدی در سال ۱۴۰۲ در انتخابات مجلس خبرگان رهبری نامزد شد که صلاحیت وی از سوی شورای نگهبان در ابتدا رد شد و سپس مورد تأیید قرار گرفت.
مسئولیت‌ها و فعالیت‌های مصطفی پورمحمدی
پورمحمدی در طول سال‌های گذشته سمت‌های مختلف در پست‌های حساس نظام به ویژه در حوزه قضائی و امنیتی تجربه کرده است .
•    دادستان انقلاب اسلامی خوزستان، بندرعباس، کرمانشاه و مشهد (۱۳۵۸ تا ۱۳۶۵) 
•    دادستان انقلاب نظامی در مناطق غرب کشور (۱۳۶۵) 
•    نماینده وزارت اطلاعات در محاکمه زندانیان سیاسی 
•    رئیس اطلاعات خارجی وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی (۱۳۶۹ تا ۱۳۷۸) 
•    مشاور ریاست دفتر و مدیرگروه «سیاسی – اجتماعی» دفتر رهبری (۱۳۸۱ تا کنون) 
•    معاون و جانشین وزیر اطلاعات (۱۳۶۶ تا ۱۳۷۸)
•    قائم‌مقام وزیر اطلاعات (۱۳۷۸–۱۳۷۶)
•    مدیر گروه بررسی‌های استراتژیک وزارت اطلاعات (۱۳۶۸)
•    معاون و قائم مقام وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران (۱۳۸۱–۱۳۶۳)
•    عضو هیئت مدیره جامعه الزهرا قم (۱۳۶۶ تا کنون) 
•    عضو و رئیس هیئت امناء مرکز اسناد انقلاب اسلامی (۱۳۷۵ تا کنون) 
•    عضو هیئت مؤسس حوزه علمیه مسجد سلیمان
•     استاد دانشگاه امام صادق (۱۳۷۹ تاکنون)
•    وزیر کشور در دولت احمدی‌نژاد (پس از دو سال و نیم کنار گذاشته شد)
•    جانشین فرمانده کل نیروهای مسلح در امور ناجا (۱۳۸۷–۱۳۸۴)
•    ریاست سازمان بازرسی کل کشور به حکم شاهرودی رئیس قوه قضائیه 
•    رئیس هیئت مؤسس مؤسسه آموزش عالی طلوع مهر (۱۳۹۰ تا کنون) 
•    وزیر دادگستری در دولت روحانی (۱۳۹۲ تا۱۳۹۶) 
•    دبیرکل جامعه روحانیت مبارز (۱۳۹۷ تاکنون)
•    رئیس مرکز اسناد انقلاب اسلامی (۱۴۰۰ تاکنون)

حواشی تسلیت مصطفی پورمحمدی به سیدمحمد خاتمی
پس از درگذشت سکینه ضیایی، مادر سیدمحمد خاتمی، رئیس‌جمهور اسبق ایران و با وجودی که قوه قضاییه وی را ممنوع‌التصویر و خبر اعلام کرده بود، مصطفی پورمحمدی، وزیر دادگستری نیز در پیامی به سیدمحمد خاتمی تسلیت گفت. خبر این تسلیت ابتدا در خبرگزاری میزان وابسته به قوه قضاییه منتشر شد، اما چند ساعت بعد از روی این سایت برداشته شد.
خبرگزاری میزان بعد از انتشار پیام تسلیت پورمحمدی به محمد خاتمی رئیس‌جمهوری اسبق برای درگذشت مادرش، ضمن حذف این مطلب، دبیر گروه قضایی این خبرگزاری را هم اخراج کرد.
ثبت نام مصطفی پورمحمدی در انتخابات ریاست جمهوری 1403
مصطفی پورمحمدی روز  ۱۴ خردادماه 1403 با حضور در ستاد انتخابات وزارت کشور به عنوان کاندیدا ثبت نام کرد و روز بیستم خرداد 1403، صلاحیتش از سوی شورای نگهبان تایید شد.
برنامه انتخاباتی مصطفی پورمحمدی در انتخابات ۱۴۰۳
حجت الاسلام مصطفی پورمحمدی وزیر دادگستری دولت یازدهم، پس از ثبت نام در انتخابات طی سخنانی با بیان اینکه جوانی و میانسالی خود را در مسئولیت‌های سخت، اثرگذار و پرچالشی گذرانده‌ است گفت: ما سرشار از آرزوهای بالابلندی بودیم، اما امروز در جایی که می‌خواستیم نیستیم. بی‌گمان گام‌های بلندی برداشتیم و دستاوردهای انکارناپذیری داریم، اما ناکامی‌ها و کاستی‌های آزاردهنده نیز کم نبوده است.
من فراز و فرودهای سیاستگذاری کشور را می‌شناسم و می‌توانم بگویم در ۴۵ سال گذشته با مسائل پیدا و رازهای پنهان و مشکلات خُرد و کلان داخلی و خارجی آشنا هستم. 
پورمحمدی در ادامه با بیان اینکه من صرفا از دور دستی بر آتش نداشته‌ام و بی‌خبر از ظرفیت‌های این سرزمین نیستم، عنوان کرد: من به توان برجسته جوانان و زنان کشورم و همچنین هوش مصنوعی باور عمیق دارم. نگرانی‌های مردم را نباید نادیده گرفت. یقین دارم می‌توانستیم در شرایطی بسیار بهتر از این باشیم از این رو اندوهگینم.
این وزیر دادگستری اسبق در پایان تأکید کرد: نام دولتم «دولت قرار» و اولویت‌های آن عدالت، ثروت و قدرت خواهد بود. قرار من با شما تحقق این سه اولویت کلیدی است.