دو سال پیش بود که محمد محمدی با نظر قلعه نویی به استقلال برگشت تا بار دیگر با پیراهن آبی در لیگ مربیگری کند اما این اتفاق رخ نداد. او در حالی که با استقلال قرارداد رسمی امضا کرده بود، پس از حضور در اردوی ترکیه، استقلال را ترک کرد و برای لیگ دوازدهم راهی راه آهن شد. آن زمان گفته می شد محمدی به دلیل ترس از نیمکت نشینی و اختلاف با رحمتی از استقلال رفته است اما حالا مشخص شده ماجرا چیز دیگری بوده است. او که این روزها برای همیشه از دنیای بازیگری خداحافظی کرده، در مصاحبه ای دست به افشاگری زده و از دلایل جداییش سخن گفته است. او مدعی است رحمتی هیچ نقشی در جدایی اش نداشته و این بابازاده و قلعه نویی بوده اند که زمینه ساز جدایی او شده اند. او صحبت هایش در این خصوص را اینگونه آغاز می کند: بعد از اینکه از داماش جدا شدم امیر قلعه‌نویی من را در مراسم یکی از دوستان مشترک دید. او به من گفت محمد جایی نرو من تو را می‌خواهم فقط این موضوع را به هیچ‌کس نگو. حالا هم که فوتبالم تمام شده این صحبت‌ها را انجام می‌دهم، رحمتی هم آن سال در استقلال حضور داشت. من به مسافرت رفتم و وقتی برگشتم دیدم با من تماس‌هایی گرفته شد که مثلاً اگر مصاحبه می‌کنی نگو من دروازه‌بان اول هستم یا دروازه‌بان دوم. هم قلعه‌نویی با من صحبت کرد و هم علی امیری. آنها گفتند اگر به استقلال آمدی اعتراض نکنی که روی نیمکت نشستی من هم جواب دادم من یکسری توانایی دارم و به آنها ایمان دارم و خودم اگر زرنگ باشم حقم را می‌گیرم اما متأسفانه اتفاقاتی در اردوی استقلال در کشور ترکیه افتاد که همانجا تصمیم گرفتم بروم و در استقلال نمانم.

 محمدی در ادامه سراغ ماجرای های اردوی ترکیه می رود و می گوید: ما ۱۲ روز در ترکیه بودیم و من حرکاتی دیدم که زیبنده برخی از مربیان نبود. همه اخلاق من را می‌دانند وقتی بعد از پایان فصل از مسافرت آخر سال برمی‌گشتم دو هفته تنها دور زمین می‌دویدم که بدنم به شرایط ایده‌آل برسد اما وقتی به ترکیه رفتم از روز اول شروع به شیرجه زدن کردم که ظاهراً یکسری از دوستان از این موضوع ناراحت شده بودند!ما ۱۲ روز در ترکیه بودیم  ٣ بازی دوستانه انجام دادیم که در هیچیک کدام از ۳ بازی یک دقیقه از من استفاده نشد. حالا که این حرفها را می‌زنم به این موضوع هم اشاره کنم که مهدی رحمتی از دوستان صمیم من است و همین حالا که با شما صحبت می‌کنم رابطه‌ خوبی با او دارم به او هم گفته‌ام که چرا از استقلال رفتم اما دیدم آقایی که به عنوان مربی گلرها در آنجا فعالیت می‌کند حتی نمی‌تواند حق خودش را بگیرد چه برسد به حق من! من هیچ ادعایی در آنجا نداشتم اما می‌دیدم که اگر روزی قرار باشد یک مربی حق بازیکنش را بگیرد مربی گلرهای استقلال توان این کار را نداشت و به همین علت بود که عطای کار را به لقایش بخشیدم. در همان زمان‌ها بحث آمدن جانواریو به استقلال هم پیش آمد و صحبت‌هایی مطرح شده بود که مثلاً فلانی نامش از لیست خارج می‌شود، نشان به آن نشان که وقتی این حرفها به گوشم رسید در حمام ترکی شهر استانبول با قلعه‌نویی صحبت کردم و به او گفتم اگر رضایت‌نامه من را ندهید فوتبال را کنار می‌گذارم! همان روز به قلعه‌نویی گفتم که مشکلاتم چیست و بعد از آن هم اتفاقاتی در مورد بازوبند کاپیتانی پیش آمد که دیگر فهمیدم اصلاً نمی‌توانم در این تیم دوام بیاورم.

دروازه بان سابق استقلال و پرسپولیس اشاره ای هم به ماجرای بازوبند کاپیتانی می کند و می گوید:  باز هم تأکید می‌کنم چون فوتبالم تمام شده این مسائل را می‌گویم. اول از همه سرمربی تیم یک تصمیم گرفت ولی به فاصله یک روز تصمیمش را عوض کرد! وقتی یک سرمربی تصمیمی درست یا غلط می‌گیرد همه باید تابع آن باشند ولی وقتی آن تصمیم شکسته می شود قطعا روی تیم تأثیرات منفی می‌گذارد و نگاه‌ها به او عوض خواهد شد. قلعه‌نویی در اردوی تریکه در عرض ٢ روز  نظرش در مورد کاپیتانی را عوض کرد علی‌رغم اینکه دوست داشت یک بازیکن دیگر کاپیتان استقلال باشد. البته این را هم بگویم که این مسئله در حیطه وظایف من نیست و من نباید در موردش صحبت کنم ولی چه بخواهیم چه نخواهیم او تصمیمش را عوض کرد و حالا هم که این موضوع به من ارتباطی ندارد اسمی از کسی نمی‌آورم. من در آنجا دیدم برخوردهایی با مربی گلرها  می‌شود که او هیچ اعتراضی نمی‌کند. آنهایی هم که من را می‌شناسند اخلاقم را می‌دانند که شاید در خیلی از مسائل اعتراض می‌کردم ولی قصد بی‌احترامی به هیچکس را ندارم و دوست دارم مردم بدانند اگر محمد محمدی بعد از ۱۲ روز نتوانست در استقلال ماندنی شود دلیلش چه بود. هیچ زمانی هم این صحبت‌ها را انجام ندادم و وقتی دیدم آن مربی نمی‌تواند حق خودش را بگیرد و سرمربی تیم هم ۴۸ ساعت بعد تصمیم خودش را عوض کرده به این نتیجه رسیدم که مسلما اگر اتفاقی در تیم رخ دهد آنها نمی‌توانند حق بازیکن را هم در تیم بگیرند و همین مسائل من را فراری داد، خوشبختانه در آن دوره از استقلال جدا شده و با کمک دوست خوبم امید روانخواه به راه‌آهن رفتم.