در پی در گذشت آیت الله ملکوتی، رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور پیام تسلیت، فقدان این عالم جلیل القدر را به خاندان و شاگردان و ارادتمندان ایشان و همچنین به عموم مردم آذربایجان تسلیت گفتند.

 متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:

"بسم الله الرحمن الرحیم

رحلت عالم جلیل مرحوم آیةالله آقای حاج شیخ مسلم ملکوتی رضوان‌الله علیه را که از علمای مبرّز حوزه‌های علمیه بوده و مفتخر به سوابق طولانی مجاهدات و خدمات به انقلاب و نظام جمهوری اسلامی می‌باشند، به خاندان مکرم و معزّز و شاگردان و ارادتمندان ایشان و به عموم مردم عزیز آذربایجان و نیز به مراجع عظام و علمای اعلام حوزه‌ علمیه‌ی قم تسلیت عرض می‌کنم.

حضور همیشگی این عالم مجاهد در فعالیت‌های سیاسی جامعه‌ی مدرسین قم در دوران اختناق و سپس خدمات ایشان در سنگر امامت جمعه‌ی تبریز قهرمان و همراهی و همگامی با رزمندگان دفاع مقدس، سوابق ثبت شده‌ئی است که از حافظه‌ی تاریخ انقلاب و از دیوان کرام‌الکاتبین محو نخواهد شد انشاءالله.

از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علو درجات ایشان را مسألت می‌کنم.

سیدعلی خامنه‌ای"