محمدرضا عارف در مصاحبه با مجله مثلث، از مخالفت خود با مکانیسم شورای مشورتی در انتخابات پرده برداشت و گفت: من دستخط خاتمی را ملاک قرار دادم و با مکانیسم شورای مشورتی (هاشمی، خاتمی، ناطق، سیدحسن خمینی) موافق نبودم.

عارف در پاسخ این سوال که آیا روحانی پیشنهاد مشخصی بعد از انتخابات برای وی داشته، پاسخ داد: من دو ملاقات با ایشان داشتم. ملاقات اول برای تبریک به دفترشان در مرکز تحقیقات استراتژیک رفتم و اعلام آمادگی برای کمک به ایشان و دولت کردم. ملاقات دوم با دعوت ایشان بود. ایشان دو وزارتخانه مشخص را پیشنهاد دادند که من هم عدم آمادگی پذیرفتن مسئولیت اجرایی در سطح وزارت را اعلام کردم. البته من نظر خودم را در مورد افرادی که می‌توانستند تصدی وزارتخانه‌های پیشنهادی را بر عهده بگیرند مطرح کردم. 

(اگر پیشنهاد ایشان معاونت اول رئیس‌جمهوری بود، شما قبول می‌کردید؟) این پیشنهاد مطرح نشد و چون چیزی در این خصوص مطرح نشد برای همین صحبتی در این مورد نمی‌کنم.