میلاد محمدی دومین فصل حضور در پرسپولیس را با روزهای عجیب پشت سر گذاشته است. فصل برای او در شرایطی آغاز شد که وحید هاشمیان به طرزی سوال‌برانگیز او را در بازیهای نخست فصل کنار گذاشت و سپس در پست دفاع راست استفاده کرد.