تفاوت اساسی در فرآیند همه پرسی دو قانون اساسی دهه اول انقلاب و قانون اساسی موجود

تنها اصل مربوط به همه پرسی در قانون اساسی تهیه شده توسط مجلس خبرگان قانون اساسی با محوریت آیت الله العظمی منتظری و دکتر بهشتی،  اصل 59 بود. بر اساس این اصل درخواست همه پرسی باید به تصویب دو سوم مجموع نمایندگان مجلس برسد. قانون اساسی مصوب 1358 در همه پرسی به تائید اکثریت قاطع مردم رسید و  امام خمینی و مراجع بزرگ شیعه آنرا تائید نمودند و امام جملات بسیار مهمی در خصوص جایگاه این قانون و ضرورت تبعیت از تمامی مفاد آن بیان فرمودند.
اصل‏ پنجاه و نهم: در مسائل‏ بسیار مهم‏ اقتصادی‏، سیاسی‏، اجتماعی‏ و فرهنگی‏
ممکن‏ است‏ اعمال‏ قوه‏ مقننه‏ از راه‏ همه‏ پرسی‏ و مراجعه‏ مستقیم‏ به‏ آراء
مردم‏ صورت‏ گیرد. در خواست‏ مراجعه‏ به‏ آراء عمومی‏ باید به‏ تصویب‏ دو سوم‏
مجموع‏ نمایندگان‏ مجلس‏ برسد.

از باب حقوق تطبیقی در اکثر قوانین اساسی کشورها مساله مراجعه به آرای عمومی در نظر گرفته شده است. می‌دانیم که رسمیت جلسات مجلس با حضور دو سوم اعضاست یعنی از ٢٩ نفر وقتی دو سوم نمایندگان در جلسه حاضر باشند، جلسه رسمیت پیدا می‌کند و مصوبات مجلس با حضور اکثریت اعضا یعنی نصف به علاوه یک نمایندگان حاضر در جلسه رسمیت پیدا می‌کند.
در همه‌پرسی از این قاعده اکثریت حاضرین عدول شده و به اکثریت مجموع نمایندگان یعنی کل ٢٩ نفر تقنین شده است. علاوه برآن در اصل ٥٩ این مهم که چه کسی درخواست کننده مراجعه به آرای عمومی است، مسکوت ماند تا اینکه در جلسه علنی روز یکشنبه چهارم تیر سال ١٣٦٨ در زمانه‌ای که آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی هنوز رییس مجلس شورای اسلامی بودند قانونی مشتمل بر ٣٩ ماده و ١٣تبصره از تصویب مجلس شورای اسلامی گذشت و به تایید شورای نگهبان رسید.
در ماده اول قانون همه‌پرسی آمده است: «همه‌پرسی از آحاد ملت مطابق مقررات این قانون انجام می‌گیرد به‌نحوی که همه اقشار جامعه با آزادی کامل نظر خود را درباره موضوعی که به آرای عمومی گذارده شود به یکی دو صورت، الف: آری ب: نه - اعلام نمایند.»  نظارت بر همه‌پرسی بر عهده شورای نگهبان است که به صورت مستقیم و عمومی و با رای مخفی خواهد بود، همه افرادی که وارد سن ١٦سالگی شده باشند، می‌توانند در همه‌پرسی شرکت کنند.

شورای نگهبان توسط هیات‌های اجرایی بر جریان همه‌پرسی نظارت می‌کند، بعد از انجام همه‌پرسی شورای نگهبان طی یک‌هفته و در صورت ضرورت حداکثر ١ روز پس از دریافت نتیجه همه‌پرسی نظر قطعی خود را جهت امضا به رییس‌جمهور ارسال می‌نماید و رییس‌جمهور پس از امضا به وزارت کشور از طریق رسانه‌های گروهی نتیجه نهایی را به اطلاع مردم خواهد رساند. 
برابر ماده ٣٦ آن، همه‌پرسی به پیشنهاد رییس‌جمهور یا- یکصد نفر از نمایندگان مجلس - صورت می‌گیرد و پس از آن در دستورکار مجلس قرار می‌گیرد. در صورتی که دو سوم مجموع نمایندگان مجلس موضوع همه‌پرسی درخواست شده را مورد تصویب قرار دادند وزارت کشور ضمن هماهنگی با شورای نگهبان تاریخ برگزاری همه‌پرسی را تعیین و اعلام می‌کند.
رییس‌جمهور برابر اصل ١١٣ مسوولیت اجرای قانون اساسی را برعهده دارد
شورای منصوب شده جهت بانگری قانون اساسی در سال 1368 اصل 177 را به قانون اساسی اضافه نمود و عملا یک ابهام ایجاد شده که آیا اصل 59 قابل اجرا می باشد یا نه،  آیا با درخواست رئیس جمهور و رای دو سوم نمایندگان مجلس رفراندوم قابل برگزاری می باشد یا نه و اگر نمی باشد پس اصل 59 چه خاصیتی دارد وآیا اصل 177 قبل از مراجعه به آرای عمومی مسیر قانونی تصویب در دولت و مجلس را طی نموده بود.  
 در اصل 177 مسیر برگذاری رفراندوم با اصل 59 متفاوت است و دولت و مجلس به عنوان نقش آفرینان اصلی در فرآینده برگزاری رفراندوم نیستند بلکه شورای بازنگری منصوب رهبری با ترکیب زیر در این خصوص عهده دار برگذاری رفراندوم است. 
اصل‏ یکصد و هفتاد و هفتم: بازنگری‏ در قانون‏ اساسی‏ جمهوری‏ اسلامی‏ ایران‏، در
موارد ضروری‏ به‏ ترتیب‏ زیر انجام‏ می‏ گیرد:
‎‎‎‎‎‎مقام‏ رهبری‏ پس‏ از مشورت‏ با مجمع تشخیص‏ مصلحت‏ نظام‏ طی‏ حکمی‏ خطاب‏ به‏ رئیس‏ جمهور موارد اصلاح‏ یا تتمیم‏ قانون‏ اساسی‏ را به‏ شورای‏ بازنگری‏ قانون‏ اساسی‏ با ترکیب‏ زیر پیشنهاد می‏ نماید:
‎‎‎ اعضای‏ شورای‏ نگهبان‏.-رؤسای‏ قوای‏ سه‏ گانه-اعضای‏ ثابت‏ مجمع تشخیص‏ مصلحت‏ نظام- ‎‎‎پنج‏ نفر از اعضای‏ مجلس‏ خبرگان‏ رهبری- ‎‎‎‎‎‎ده‏ نفر به‏ انتخاب‏ مقام‏ رهبری- ‎‎‎‎‎‎ سه‏ نفر از هیأت‏ وزیران- ‎‎‎‎‎‎سه‏ نفر از قوه‏ قضائیه- ‎‎‎‎‎‎ده‏ نفر از نمایندگان‏ مجلس‏ شورای‏ اسلامی-‎‎‎‎‎‎سه‏ نفر از دانشگاهیان‏.
‎‎‎‎‎‎شیوه‏ کار و کیفیت‏ انتخاب‏ و شرایط آن‏ را قانون‏ معین‏ می‏ کند. مصوبات‏ شورا پس‏ از تأیید و امضای‏ مقام‏ رهبری‏ باید از طریق‏ مراجعه‏ به‏ آراء عمومی‏ به‏ تصویب‏ اکثریت‏ مطلق‏ شرکت‏ کنندگان‏ در همه‏ پرسی‏ برسد.