در پیام حجت الاسلام سید محمد خاتمی، رییس دولت اصلاحات، آمده است:

بسم الله الرحمن الرحیم

عالم عامل و پارسای بااخلاق و خدمتگزار صادق و توانای ایران و جمهوری اسلامی حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محمد اسماعیل شوشتری وزیر اسبق دادگستری که عمری را بی هیچ چشم داشت در خدمت اسلام و ایران و مردم صرف کرد، به دیدار معبود شتافت و امید اینکه پاداش پاکی، نیکی و خلوص خود را از خوان رحمت بی انتهای حضرت حق دریافت دارد.

من این مصیبت را به همه اصحاب فضل و فضیلت و خدمت به خصوص همکاران عزیزم در دولت و بالاخص به همسر گرانقدر و فرزندان شریف و دیگر بستگان آن عزیز تسلیت می گویم و از پیشگاه حضرت حق جلّ و علا برای آن فقید سعید، آمرزش و رحمت و علوّ درجات و برای بازماندگان معزز صبر و اجر و سلامتی مسألت می کنم.