هنگامی که بریتانیا در سال ۱۹۶۸ (۱۳۴۷) قصد خود را برای خروج از منطقه خلیج فارس اعلام کرد، شیخ‌نشین شارجه ادعای خود را در مورد مالکیت جزیره ابوموسی اعلام کرد. محمدرضا پهلوی هم به سر الک داگلاس-هیوم، وزیر خارجه وقت بریتانیا گفت که این جزایر متعلق به ایران است و باید به این کشور بازگردد.

ایران در ۲۹ نوامبر ۱۹۷۱ با حاکم وقت شارجه وارد مذاکره شد و اعلام کرد که ایران هیچگاه از حق مالکیت خود بر این جزیره صرف‌نظر نخواهد کرد. البته حاکم شارجه نیز بر حق حاکمیت خود بر این جزیره پافشاری کرد. در جریان این مذاکره، توافق شد که ایران حق اعمال حاکمیت بر بخش‌های شمالی این جزیره را داشته باشد و بتواند نیروهای نظامی خود را در آن مستقر کند، شارجه نیز به اعمال حاکمیت بر بخش جنوبی و پاسگاه پلیسی در این جزیره رضایت داد.

شاهنشاهی ایران با هدف اعمال حاکمیت خود بر این جزیره، روز ۳۰ نوامبر ۱۹۷۱ (۸ آبان ۱۳۵۰) و در نبود نیروهای بریتانیایی وارد ابوموسی شد. اقدامی که گفته می‌شود، چراغ سبز بریتانیا را به همراه داشته است. حتی مطابق اسنادی که دو سال پیش منتشر شد، بریتانیا با شاه در مورد تحویل جزایر مورد اختلاف از جمله ابوموسی به توافق پشت پرده‌ای دست یافته بودند.

این اقدام درست دو روز پیش از تاسیس کشور امارات عربی متحده، متشکل از هفت شیخ‌نشین، در تاریخ ۲ دسامبر ۱۹۷۱ انجام شد. در واکنش به این رخداد و به دلیل دامن زدن آن به احساسات ضدبریتانیایی در میان کشورهای عربی، لیبی تاسیسات نفتی بریتانیا را مصادره کرد و امارات عربی متحده تازه تاسیس هم در ۹ دسامبر ۱۹۷۱ این موضوع را با طرح ادعای نقض حاکمیت امارات توسط ایران و نقض منشور سازمان ملل متحد به شورای امنیت سازمان ملل متحد ارائه کرد. در آن زمان، شورای امنیت به طرفین توصیه کرد تا اختلافات را از طریق گفتگو حل و فصل کنند. اما ایران همواره تاکید کرده که حق حاکمیتش بر ابوموسی قابل مذاکره نیست.

ایران در تابستان سال ۱۹۹۲ (۲ شهریور ۱۳۷۱) افزون بر کنترل رفت و آمد کشتی‌ها، کنترل کامل جزیره ابوموسی را از جمله با ممانعت از ورود اتباع کشورهای ثالث به آن، به دست گرفت.

این اقدام ایران با اعتراض شدید امارات مواجه شد. از آن زمان به بعد، امارات با جلب نظر سایر کشورهای عرب خلیج فارس و تلاش‌های دیپلماتیک برای جذب متحدانی دیگر، ایران را «اشغالگر» این جزیره معرفی کرده و خواستار اقدام بین‌المللی در این خصوص شده است. امارات حتی در تلاش است تا پرونده اختلاف با ایران را از طریق دیوان بین‌المللی دادگستری (ICJ) حل و فصل کند.

پاسگاه پلیسی که استقرار آن در ۲۹ نوامبر ۱۹۷۱ مورد توافق ایران و حاکم شارجه قرار گرفت، همچنان در جنوب ابوموسی و منطقه‌ای که بومیان اماراتی، حدود ۵ هزار نفری در آن زندگی می‌کنند، وجود دارد.

طی سال‌های اخیر، ایران دو بار، یعنی در اسفند گذشته و در مهر ۱۳۸۹، اعلام کرده که نیروهای نظامی‌اش پرچم امارات عربی متحده را که در پاسگاه این کشور در ابوموسی به اهتزاز درآمده، پایین کشیده‌اند.

ایران از دوره پهلوی تاسیسات، ادوات و نیروهای نظامی خود را در این جزیره مستقر کرده و فرودگاه و اسکله‌ای در شمال غربی آن ساخته است. یک اسکله کوچک نیز در جنوب این جزیره در اختیار تجارت ساکنان بومی آن قرار دارد ولی ترددهای آن از سال ۱۹۹۲ تحت کنترل ایران است.
جایگاه استراتژیک ابوموسی از جمله اشراف آن به تنگه هرمز و قرار گرفتن در عمیق‌ترین پهنه آبی خلیج فارس که امکان تردد نفتکش‌ها را می‌دهد، مهمترین دلایل اهمیت آن برای دو کشور ایران و امارات است.