با اعلام رسمی باشگاه استقلال، هیئت مدیره این باشگاه موافقت خود با استعفای جواد نکونام را اعلام کرد و بدین ترتیب کار مربی ماجراجوی آبی‌ها بدون دستاورد خاصی به پایان رسید. کش و قوس جدایی نکونام تقریبا از همان هفته های ابتدایی لیگ با باخت به استقلال خوزستان آغاز شد و پس از شکست در دربی به اوج خود رسید.

با این حال هواداران نکونام امیدوار بودند که با پیروزی مقابل السد قطر ضمن پاسخ به منتقدان، شاید زمینه ادامه حضور این مربی در جمع آبی‌ها فراهم شود و یا لااقل جدایی او با پایانی خوش همراه باشد اما هیچکدام این اتفاقات رخ نداد.

استقلال با دو گل بازی را به السد باخت تا سومین شکست فصل آبی‌ها مهر تاییدی باشد بر پایان همکاری با جواد نکونام. این باخت در حالی رقم خورد که نکونام به لطف سال‌ها درخشش در سطح اول فوتبال اسپانیا در بین علاقه‌مندانش به "جواد لالیگایی" معروف است و از قضا مربی آخرین تیمی که جواد در دوئل با او بازنده شد یک مربی اسپانیایی با سابقه کار در لاماسیا بود.

جواد نکونام از ابتدای لیگ بیست و سوم هدایت استقلال را پذیرفت و تا هفته‌های پایانی این تیم را مدعی اصلی قهرمانی نگه داشت اما حواشی و تنش‌های میان او و علی خطیر مدیرعامل وقت استقلال تمام عملکرد این مربی را تحت الشعاع قرار داده بود و در نهایت نارضایتی هواداران از نتایج این تیم در فصل جدید باعث جدایی زودهنگام جواد شد.