وی از ۳ اسفند ۱۳۹۷ تا ۱۰ مهر ۱۴۰۰ در اوج اپیدمی کووید ۱۹ رئیس سازمان نظام پزشکی ایران بود.

وی فوق تخصص جراحی عروق، و استاد تمام دانشگاه علوم پزشکی تهران و محل کار او بیمارستان سینا، اولین بیمارستان ایران از نظر قدمت است.

ظفرقندی از زمره اصلاح طلبان فعال در جامعه پزشکی است. وی در حال حاضر دبیر کلی انجمن اسلامی جامعه پزشکی ایران که یک حزب اصلاح‌طلب تلقی می‌شود را بر عهده دارد.

او در سال ۱۳۵۵ در رشته پزشکی دانشگاه تهران پذیرفته شد و در سال ۱۳۶۲ درحالی‌که هنوز دستیار تخصصی رشته جراحی عمومی بود، به عنوان جراح داوطلب به جبهه‌های جنگ ایران و عراق اعزام شد. پس از بازگشت از جبهه‌های نبرد حق علیه باطل و اتمام دوره دستیاری جراحی در دانشگاه علوم پزشکی تهران، در سال ۱۳۶۸ به درجه استادیاری نائل و سپس در سال ۱۳۷۰، دوره فلوشیپ جراحی عروق و تروما را در دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی آغاز کرد.

ریاست دانشگاه علوم پزشکی تهران و همچنین ریاست سازمان نظام پزشکی در دو دوره از جمله فعالیت‌های اجرایی برجسته ظفرقندی است.

در مجموع از جمله فعالیت‌های اجرایی او می‌توان به ریاست دانشگاه علوم پزشکی تهران در سال‌های ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴، عضو هیات امنای مرکز ملی تحقیقات علوم پزشکی کشور در سال ۱۳۷۸، عضو شورای عالی سازمان نظام پزشکی در سال‌های ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۳، رئیس کل سازمان نظام پزشکی ایران (دو دوره) ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۳ و ۱۳۹۷ تا ۱۴۰۰، عضو شورای عالی بیمه خدمات درمانی در 1۳۷۹، مدیر گروه جراحی دانشگاه علوم پزشکی تهران از ۱۳۹۲ تا ۱۴۰۱، رئیس مرکز تحقیقات تروما و جراحی بیمارستان سینا از ۱۳۹۲ تا کنون، رئیس شورای عالی نظام پزشکی از ۱۳۹۶ تا ۱۳۹۷، رئیس انجمن جراحی عروق ایران از ۱۳۹۸ تا کنون، رئیس انجمن علمی ترومای ایران از ۱۳۹۶ تا ۱۴۰۰ و غیره اشاره کرد.

در مجموع وزارت بهداشت به عنوان یکی از تخصصی‌ترین وزارتخانه‌ها که سلامت جمعیت ۸۰ میلیونی کشور به نوعی با فعالیت‌ها وتصمیمات آن گره خورده است، همواره در طول ادوار انتخاباتی به عنوان یکی از مهم‌ترین مطالبات مردمی مورد توجه نامزدهای انتخاباتی بوده است و اکنون و در شرایطی که شمارش معکوس برای انتخاب کابینه چهاردهم آغاز شده، چشمان فعالان عرصه سلامت کشور به دستان رییس‌جمهوری و مجلس شورای اسلامی است تا کلید وزارت بهداشت را به چه کسی می‌سپارند و باید دید که با توجه به مطالبات فراوان و اقدامات بر زمین مانده حوزه سلامت، محمدرضا ظفرقندی با ارایه برنامه‌هایش می‌تواند از مجلس دوازدهم برای تصدی بر وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی رای اعتماد بگیرد؟.