با توجه به اعلام هشدار مراکز امنیتی ایران به تحت تعقیب و تهدید بودن هنیه توسط اسرائیل، هنیه بلافاصله پس از ورود به تهران، تحت شدیدترین اسکورت حفاظتی قرار گرفته و در یک پروتکل امنیتی علاوه بر یگان ویژه پلیس حفاظت شخصیت‌ها، در اسکورت وی حضور داشته‌اند‌.

به گزارش اسپوتنیک ،هنیه پس از پایان برنامه در مجلس و بازدید ۴ ساعته از نمایشگاهی در محدوده برج میلاد، حدود ساعت ۹ شب به اقامتگاهش برده می‌شود.

محل اقامت اختصاصی او  واقع در مجتمع الزهرا، واقع در زعفرانیه در مجاورت کاخ سعد آباد بوده، و مهمانسرا تحت محافظت امنیتی بوده است.

در ساعت ۱.۴۵ بامداد، توسط یک پهپاد کوچک، دقیقا به اتاق هنیه شلیک می‌شود که موجب شهادت او و محافظش می‌شود.

گفته شده این ترور توسط نقطه یابی از طریق برنامه واتس اپ خط قطری اش انجام شده است.

 روزنامه نگار لبنانی،  اسرائیل از طریق پیامی در واتس اپ، نرم افزارهای جاسوسی را روی تلفن هنیه نصب کرده است. این نرم افزار جاسوسی امکان شناسایی محل دقیق خانه ای را که رهبر حماس در آن قرار داشت و حمله موشکی به آن را از طریق یک پهپاد انجام داد.