جواد نکونام فصل فوق‌العاده سختی را در استقلال و در اولین سال حضورش در این تیم سپری کرد. نکونام هفته‌ها تیمش در صدر جدول حضور داشت ولی در نهایت جنگ قهرمانی را به رقیب سنتی باخت و پرسپولیس قهرمان لیگ شد.

نکونام با استقلال دو فصل دیگر قرارداد دارد و بعد از اتمام بازی‌ها هم به صورت قاطع اعلام کرد در استقلال می‌ماند و حتی فعالیت‌های نقل و انتقالاتی‌اش را هم شروع کرده است. با توجه به سبک بازی تیم جواد و عدم قهرمانی این تیم ،حالا او مخالفان زیادی را بین هواداران و پیشکسوتان استقلال می‌بیند. مدیران جدید استقلال در ظاهر از نکونام حمایت می‌کنند و مدعی هستند جواد فصل آینده هم در این تیم باقی خواهد ماند.

با این حال اخبار رسیده از باشگاه استقلال حاکی از آن است که نکونام آینده‌ای نامشخص دارد و معلوم نیست او فصل آینده هم روی نیمکت استقلال بنشیند. شنیده می‌شود حتی ۳ مربی سابق آبی‌ها یعنی فرهاد مجیدی، استراماچونی و ساپینتو از گزینه‌های جانشینی نکونام برای فصل آینده هستند و اگر به هر دلیلی نکونام از استقلال جدا شد، مدیران استقلال به سراغ جذب یکی از این گزینه‌ها خواهند رفت.

گفتنی است شانس ماندن نکونام در استقلال ۵۰ درصد است و همه چیز به جلسه و تصمیم‌گیری مدیران ارشد هلدینگ خلیج فارس خواهد داشت.