با این حال این موضوع از زمان درگذشت او تا الان همچنان به نوعی جریان دارد و ابهامات زیادی درباره آن هست. دیروز علی مطهری نماینده جنجالی مجلس دهم در مصاحبه‌ای با سایت جماران به مسئله نقش هاشمی رفسنجانی در حوادث سیاسی کشور پرداخته و آن را به نوعی با مرگ هاشمی مرتبط دانسته و درنهایت گفته که مرگ هاشمی را مشکوک می‌داند. موضوعی که پیش از این اعضای خانواده هاشمی گفته بودند برای آن در شورای عالی امنیت ملی پرونده‌ای تشکیل شده ولی تاکنون به نتیجه روشنی نرسیده است.
علی مطهری در مصاحبه خود گفت: «در سال 88 حوادثی پیش آمد، آیت‌الله هاشمی خطبه خوبی خواند و راه پایان دادن به اعتراضات و آشوب‌ها در کشور را خیلی خوب نشان داد، اما به توصیه‌های ایشان عمل نشد و روش دیگری در پیش گرفته شد. از جمله می‌گفت که با معترضین و کسانی که صرفاً شعار دادند و اعتراض کردند، برخورد نامناسب نشود و آزاد شوند، اما به حرف ایشان گوش داده نشد و گاهی تندروی‌هایی شد.»
او افزود: «در سال 92 به نظر من با تدبیر مرحوم هاشمی فضای کشور تغییر کرد و باعث شد که آقای روحانی رئیس جمهور شود. آقای هاشمی به طور نسبی راضی بود که کشور به مسیر اصلی خود برمی‌گردد. آیت‌الله هاشمی سال 95 از دنیا رفت که از نظر من فوت ایشان مشکوک است. بالاخره ایشان آدم سالمی بود و اینکه ناگهان از دنیا رفت، برای من خیلی حل نشده است. البته دلیلی هم نداریم که کار، عمدی بوده باشد ولی مطلب برای من خیلی روشن نیست. شاید برخی احساس می‌کردند که اگر سال 96 آقای روحانی رأی بیاورد و آقای هاشمی در قید حیات باشد دیگر نتوانند همه چیز را کنترل کنند و احساس می‌کردند دیگر شرایط کشور از دست‌شان درمی‌رود. به هر حال نمی‌دانیم واقعیت چه بود.»
مطهری در ادامه گفت: «من معتقدم بعد از رفتن آیت‌الله هاشمی، کشور دچار آشوب‌های زیادی شده است؛ آشوب‌های دی‌ماه 96، آبان 98 و آشوب‌های اخیر را مشاهده کردیم و فکر می‌کنم اگر آقای هاشمی بود، نمی‌گویم به هیچ وجه آشوبی نداشتیم، اما ایشان تدبیر و تعادل ایجاد می‌کرد. مردم احساس می‌کردند گاهی حرف‌های آنان از زبان آقای هاشمی گفته می‌شود، یک نوع تخلیه روانی می‌شد و آقای هاشمی نوعی سوپاپ اطمینان بود. مرحوم هاشمی با تدبیر عمل می‌کرد و ضمن حفظ احترام مقام رهبری و جایگاه ولایت فقیه، حرف‌های خود را می‌زد و گاهی نظر مخالفی با رهبری داشت، ولی خیلی با ظرافت و با تدبیر حرف‌های خود را بیان می‌کرد و تنشی ایجاد نمی‌شد.»
محسن هاشمی فرزند مرحوم هاشمی نیز در مصاحبه‌ای که به تازگی با خبرگزاری ایسنا داشتف در این باره گفت: «اتفاق جدیدی در پرونده فوت ایشان رخ نداده است. در دولت آقای روحانی، دبیرخانه شورای امنیت ملی مسئول تحقیق در این باره شد و نهایتا گزارشی را به رئیس جمهور وقت ارائه کرد. دکتر روحانی به عنوان رئیس شورایعالی امنیت ملی وقت، پس از مطالعه این گزارش پی نوشتی با این مضمون داشتند که گزارش استحکام لازم را ندارد و قانع نشدند. اینکه پس از این دستور رئیس جمهور چه اتفاقی افتاد و آیا گزارش دیگری نوشته شده، ما اطلاعی نداریم.»
او هچنین درباره وصیت نامه پدرش توضیح داده: «یک وصیت‌نامه شرعی که ایشان در سال ۱۳۷۹، قبل از آنژیوی قلب نوشته بودند در اختیار ما بود که آن را در صداوسیما قرائت کردم. پس از رحلت ایشان، ما دفتر کار و منزل را جستجو کردیم، متن مشابهی به عنوان وصیت‌نامه جدید پیدا نکردیم اما یک نامه بسیار مشروح و مفصلی ایشان خطاب به مقام معظم رهبری نوشته بودند که نگارش آن چند سال طول کشید و بیش از صد صفحه بود که فرازهای آخر آن نیز ناتمام باقیمانده بود، این نامه را من تقدیم رهبری کردم و چون مخاطب این نامه ایشان بود تصمیم به انتشار یا عدم انتشار آن با آیت‌الله خامنه‌ای است.»
سال 96 فاطمه هاشمی دیگر فرزند هاشمی رفسنجانی از آلوده بودن حوله مرحوم هاشمی به مواد رادیو اکتیو خبر داد. فرزند رئیس سابق مجمع تشخیص مصلحت نظام گفته بود حوله‌ای که آیت‌الله هاشمی رفسنجانی را با آن به بیمارستان بردند نیز به رادیواکتیو آلوده بوده است. او گفته بود که ما گزارش پزشکی را ندیده‌ایم. این گزارشی بود که شورای عالی امنیت ملی داد و چندین بار هم از آن‌ها خواستیم که حداقل برای معالجه اطلاعات به ما بدهند تا بتوانیم به متخصص مراجعه کنیم. برای آن یکسری آزمایش‌های خاصی هست که هر جایی آن را انجام نمی‌دهند و بیشتر هم مکان‌های امنیتی این آزمایش‌ها را انجام می‌دهند و به همین خاطر ما هیچ اقدامی انجام ندادیم.»