با از دست رفتن قهرمانی در لیگ برتر، امید استقلالی ها معطوف به فتح جام حذفی شد. جامی که آبی ها در آن خیلی خوب پیشروی کردند و با برتری مقابل سپاهان در مرحله یک چهارم نهایی، به نیمه نهایی راه یافتند. در این مرحله، پرسپولیس که قهرمان لیگ برتر هم شده بود انتظار آبی ها را می کشید. دربی حذفی اما برای استقلال خوش یمن بود و آن ها توانستند پس از تساوی 2-2 در 120 دقیقه، در ضربات پنالتی با نتیجه 4-1 حریف خود را از مقابل بردارند و با این برد دلچسب، به فینال جام حذفی راه پیدا کنند.

یک روز پس از برد شیرین در دربی جام حذفی، استعفای فرهاد مجیدی به دلیل اختلاف با سعادتمند و تلاش مدیریت باشگاه برای بازگرداندن استراماچونی، اردوگاه شاد آبی را به محلی برای تنش و اختلاف و اعتراض تبدیل کرد. فرهاد درنهایت راضی شد تا در فینال روی نیمکت بنشیند اما یک هفته کشمکش به ضرر استقلال تمام شد و آن ها با شکست 3-2 مقابل تراکتور در فینال جام حذفی، فرصت طلایی کسب جام را در فصل گذشته از دست بدهد.