پس از ترک شبانه ایران توسط هروویه میلیچ و شوکی که به هواداران باشگاه استقلال وارد شد ، با تصمیم محمود فکری این بار فرشید باقری نیز از جمع آبی پوشان جدا شد. علت کنارگذاشتن باقری از استقلال شاید به اندازه علت ترک این تیم توسط میلیچ شفاف نبوده باشد.

حالا در بخشهای مهمی از گزارش روزنامه خبرورزشی جزئیات کنار گذاشتن فرشید باقری از استقلال آمده است.

این بازیکن در روز بازی استقلال با آلومینیوم اراک از بین دو نیمه مشغول گرم کردن خود بود و ۱۵ دقیقه مانده به پایان مسابقه از او خواسته می‌شود برای آماده شدن جهت ورود به میدان از پشت دروازه به سمت نیمکت برود در همین خصوص گفته می‌شود فرشید که به خاطر بازی نکردن ناراحت بود بابت اینکه قرار است تازه از دقیقه ۸۰ به زمین برود زیر لب مشغول اعتراض به شرایط می‌شود. ابتدا حنیف عمران‌زاده او را دعوت به خویشتن‌داری می‌کند و سپس پرویز مظلومی به فرشید تلنگر می‌زند و می‌گوید مطیع تصمیم کادر فنی باش و اصلاً حق اعتراض نداری!
باقری در جریان بازی با پرسپولیس شانسی برای ورود به میدان پیدا نکرد. او که از ابتدا به خاطر بازی نکردن ناراحت به نظر می‌رسید در نیمه دوم و بعد از گل‌های پرسپولیس از تفکرات تاکتیکی مربیان برای این مسابقه و حتی تعویض‌های صورت گرفته عیب و ایراد می‌گرفت و تعدادی از اعضای تیم اظهارنظرهای او را شنیدند و به همکاران فکری انتقال دادند.
فردای دربی و در جریان تمرین ریکاوری وقتی محمود فکری متوجه انتقادهای باقری در دربی شد، اعلام کرد بعد از بازی با آلومینیوم به صورت اختصاصی با باقری درباره کم بازی کردن یا بازی نکردن صحبت کرده و به او گفته بود چون جزو نفرات قدیمی تیم است رفتارش را در جریان بازی با آلومینیوم نادیده گرفته ولی به خاطر حفظ نظم تیمی استقلال اگر مورد دیگری رخ دهد نمی‌تواند چشم‌پوشی کند.

بر طبق این گزارش ، شاید تا حدود بسیار زیادی مشخص شده باشد که علت کنار گذاشتن فرشید باقری از استقلال چه بوده است.