«ﻣﺤﺎﻛﻤﻪ ﻣﺘﻬﻤﺎﻥ ﻻﺯﻡ ﻧﻴﺴﺖ، ﻣﻦ ﺁﻧﻬﺎ ﺭﺍ اعدام مي‌كنم، ﺍﮔﺮ ﺧﻮﺏ ﺑﺎﺷﻨﺪ ﺑﻪ ﺑﻬﺸﺖ ﻣﯽﺭﻭﻧﺪ ﻭ ﺍﮔﺮ ﺑﺪ ﺑﺎﺷﻨﺪ ﺑﻪ ﺟﻬﻨﻢ» اين جملات بخشي از تاريخ پس از انقلاب اسلامي است كه از «محمدصادق صادقي گيوي» معروف به «صادق خلخالي» اولين حاكم شرع پس از انقلاب نقل مي‌شود. حاكم شرعي كه نامش با «اعدام» گره خورده است. اما صحبت از تخلف‌هاي اين روحاني در جريان برگزاري دادگاه‌هاي انقلاب معمولا در رسانه‌ها به راحتي ميسر نيست. به‌ويژه شنيدن اين تخلفات از زبان محافظه‌كاران و نزديكان به جناح راست سياسي نيز همواره دور از ذهن به نظر مي‌رسد. اما به تازگي مصطفي ميرسليم، رييس شوراي مركزي موتلفه و يكي از منتخبان تهران براي حضور در مجلس يازدهم در مصاحبه‌اي از اين تخلفات گفت و البته احمد توكلي، نماينده پيشين مجلس شوراي اسلامي نيز در تاييد آن گفت‌وگويي انجام داد.
به گزارش روز نو :مصطفي ميرسليم در مصاحبه‌اي با برنامه گفت‌وگو محور سايه‌روشن كه از سوي «عبدي‌مديا» منتشر شد، از روش صادق خلخالي در برخورد با متهمان و صدور حكم اعدام براي آنها انتقاد كرد و صراحتا هم جمله نقل شده در ابتداي اين گزارش را تاييد و تاكيد كرد روشي كه خلخالي در ابتداي انقلاب پيش گرفت‌، اشتباه بود. اگرچه اظهار كرد كه بر اين باور است ابتداي هر انقلاب مسائل توام با افراط و تفريط رخ مي‌دهد. اين كنشگر سياسي اصولگرا در مورد اعدام‌هاي اوايل انقلاب گفته ‌بود «آقاي خلخالي در كارهايش دقت نداشت و در برخي از اعدام‌ها زياده‌روي انجام مي‌گرفت.» ميرسليم همچنين روايت كرده كه «بنده از اقدامات ايشان دفاع نمي‌كنم و در همان زمان هم به اقتضاي مسووليتي كه داشتم (مسوول شهرباني كل كشور) به ايشان تذكر مي‌دادم؛ به‌طوري كه در كتاب خاطرات خود آقاي خلخالي آمده كه ايشان از دست من تلفن را در يخچال مي‌گذاشتند تا من مزاحم‌شان نشوم. آقاي خلخالي علاقه داشتند بدون درنظر گرفتن جوانب امر و رسيدگي‌هاي لازم بسياري از افسران شهرباني را اعدام كند. بدون اينكه به اين موضوع توجه لازم داشته باشد كه اصلا اين افراد نقشي در آزار و اذيت و شكنجه مردم داشتند يا خير!» البته او معتقد است خلخالي سوءنيت نداشت اما روشي كه اتخاذ كرد، درست نبود.
روايت احمد توكلي از روش و منش قضايي صادق خلخالي هم در تاييد سخنان ميرسليم است. او در گفت‌وگو با «عبدي‌مديا» روايت كرده‌: «اوايل انقلاب برادر من افسر شهرباني رشت بود. او به من زنگ زد و گفت يكي از افسران شهرباني رشت كه درجريان سركوب انقلابيون حضور داشت اما كسي را نكشته بود، بازداشت شده است. در جريان انتقال اين افسر به لاهيجان آقاي خلخالي تصميم گرفته ايشان را اعدام كند... برادرم با توجه به اينكه مي‌دانست آقاي خلخالي اصرار به اعدام آن افسر شهرباني داشت و ممكن بود همان شب افسر را اعدام كند از من خواست كاري انجام دهم؛ من با آقاي ري‌شهري كه آن زمان دادستان انقلاب در ارتش بود، تماس گرفتم و وضعيت را توضيح دادم. به آقاي ري‌شهري گفتم اگر همين امشب آن افسر را از دسترس همراهان آقاي خلخالي دور نكند، اين فرد را اعدام مي‌كند؛ به‌دنبال خواسته من آقاي ري‌شهري؛ اين افسر را از دسترس آنها خارج كرد. آن افسر به تحمل 2 سال زندان محكوم و پس از عفو اكنون در گرگان زندگي شرافتمندانه خودش را انجام مي‌دهد.» او همچنين تاكيد كرده كه تداوم مشي قضايي خلخالي باعث بركناري‌اش شد.
با اين حال پيش از تاييد اظهارات ميرسليم از سوي توكلي محمدحسني، رييس سازمان عقيدتي سياسي ارتش در نامه‌اي سرگشاده خطاب به ميرسليم نوشت: «ايجاد شائبه و ترديد درخصوص اقدامات اوايل انقلاب، آيا بازي در زمين دشمن نيست؟» او در واكنش به اين ادعاي ميرسليم كه «برخي اطرافيان خلخالي براي متهمان پاپوش درست مي‌كردند يا در خانه آنها مواد مخدر جاساز مي‌كردند»، هم گفته‌ بود: «اگر از همان ايام سند و مدركي دال بر تاييد ادعاي خود داشته و بروز نداده‌ايد در كتمان حقيقت مسوول هستيد.»
با همه اين اوصاف اما صادق خلخالي هيچ‌وقت از اقدامات خلاف شرع و قانوني خود ابراز پشيماني نكرد و حتي در سال‌هاي پاياني عمر، زماني كه به بيماري پاركينسون مبتلا و خانه‌نشين شده‌بود دست به قلم و به نگارش خاطرات دوران انزواي خود مشغول شد. او در كتابي با عنوان «ايام انزوا» نوشت ذره‌اي از كارهايي كه كرده پشيمان نيست و اگر به قبل بازگردد باز هم آن را تكرار خواهد كرد. صادق خلخالي كه اگر بر اساس بيماري از دنيا نرفته‌بود، در اين ايام ۹۳ ساله بود به ارتشبد نصيري رييس ساواك، سپهبد مهدي رحيمي فرماندار نظامي تهران، سيد رضا ناجي فرماندار نظامي اصفهان، منوچهر خسرو داد فرمانده هوا نيروز به اضافه 20 تن ديگر را تنها در يك محاكمه به اعدام محكوم كرد كه همگي در شب 24 بهمن ماه 1357 در پشت‌بام مدرسه رفاه تهران تيرباران شدند. او همچنين محاكمه و اعدام اميرعباس هويدا نخست‌وزير دوران پهلوي را نيز برعهده داشت. خلخالي پس از روي كار آمدن شهيد بهشتي به عنوان رييش شوراي عالي قضايي بركنار شد. اما يكي از نكات جالب حيات سياسي خلخالي حضور در ليست مورد حمايت حزب توده براي نمايندگي در مجلس شوراي اسلامي دور اول است كه در نهايت منجر به حضورش در مجلس شد. اين حضور در دوره دوم و سوم پارلمان نيز ادامه داشت اما كم‌كم منزوي شد. خلخالي در سال‌هاي پاياني عمر بيش از هر چيز سكوت پيشه كرد، چراكه نه در ميان اصولگرايان و نه اصلاح‌طلبان جايگاهي نداشت و مذموم دانستن هر تفكر و كنشي از سوي او پيكان نقد را به سمت خودش باز مي‌گرداند تا آنجا كه حتي حمايت‌هايش از آيت‌الله منتظري هم نتوانست تطهيرش كند.