اگرچه مارک ویلموتس دوران کوتاهی روی نیمکت تیم ملی داشت ولی حواشی حضورش در ایران هم‌چنان ادامه دارد و فوتبال ایران را با یک دعوای حقوقی مواجه کرده است.

، اختلاف فدراسیون فوتبال ایران و مارک ویلموتس وارد مرحله شکایت شده و در حال حاضر هر دو طرف از هم شاکی هستند و مدعی دریافت غرامت شده‌اند. پس از این‌که مارک ویلموتس خواهان دریافت کل مبلغ قرارداد سه ساله‌اش از فدارسیون فوتبال شده بود، حالا خبر رسیده فدارسیون هم از ویلموتس به فیفا شکایت کرده و خواستار برگرداندن نیمی از دو میلیون یورویی شده که قبلا به سرمربی سابق تیم ملی پرداخت شده بود. از طرفی مارک ویلموتس هم بیکار نبوده و لایحه دفاعی‌اش را به فیفا فرستاده و به نوعی ادعای فدراسیون را رد کرده است. در حال حاضر مشخص نیست دادگاه چه زمانی برگزار می‌شود و باید بررسی‌های اولیه روی ادعای طرفین انجام شود.