در پی پخش سخنان تقطیع شده نقویان در فضای مجازی شایعه‌ای مبنی بر ایجاد مشکل برای این روحانی سرشناس مطرح شد. وی  به این شایعه پاسخ داد.
 
به گزارش روز نو :حجت الاسلام ناصر نقویان در پاسخ به سوالی از رابطه اش با دفتر رهبرانقلاب می گوید. متن سوال و جواب را بخوانید:
 
ما وقتی می‌خواستیم وقتی بگیریم تا برای مصاحبه خدمت شما برسیم مسئول دفترتان گفت به برنامه‌ای از طرف دفتر رهبر انقلاب رفته‌اید آیا روابط با دفتر ترمیم شده است؟
بله من چند وقت پیش دعوت شدم و این دعوت برای اولین بار نبود و چندین مرتبه دیگر هم دعوت شده بودم. ما با مسئولین اصلی نظام مشکلی نداریم بلکه تعدادی از مسئولین میانی هستند که گاهی تصمیمات خیالبافانه می‌گیرند