باشگاه پرسپولیس در مورد پرونده مانوئل ژوزه دچار چالش شده است.قرارداد این مربی که در زمان مدیریت محمد رویانیان منعقد شد، بسیار سنگین بود، اما در آن زمان کسی در مورد رقم دریافتی و توافق مانوئل ژوزه خبری در اختیار رسانه‌ها و مردم قرار نمی‌داد تا اینکه ژوزه از ایران رفت و پس از شکایت به کمیته تعیین وضعیت مربیان و بازیکنان فیفا، مشخص شد پرسپولیسی‌ها ضرر هنگفتی بابت عقدقرارداد با این مربی پرتغالی خواهند داشت. چند روز قبل علی‌اکبر طاهری، سرپرست باشگاه پرسپولیس در مصاحبه‌ای خبر از بدهی شش میلیارد تومانی این باشگاه به ژوزه داد.او هشدار داد اگر این پول را خیلی زود پرداخت نکنند، باشگاه با چالش جدی و شاید کسر امتیاز مواجه شود.البته باشگاه پرسپولیس دو وکیل بین المللی نیز برای به نتیجه رسیدن این پرونده به فیفا اعزام کرده است.این وسط سرمربی پرسپولیس هم  احساس خطر کرده ولی در عین حال اطمینان می دهد این پرونده به کسر امتیاز از این باشگاه نخواهد رسید. برانکو در این خصوص گفت:« متاسفانه خطر کسر امتیازوجود دارد، اما مطمئنم باشگاه نمی‌گذارد کار به این مسائل بکشد.طاهری با مشکلات جدیدی مواجه است هرچند خیلی از مشکلات را حل کرده است.ازاو ممنونم چون بدهی‌های گذشته را پرداخت کرده  . مدیریت باشگاه در یکسال اخیر تلاش زیادی داشته تا همه چیز را برای موفقیت ما مهیا کند.» پرسپولیس درفصل هفتم لیگ برترنیزدچار کسرشش امتیاز شده بود.برانکو با یاد آوری این موضوع ادامه داد:«بله این خطر را حس می‌کنیم که شاید مثل دوره قبل امتیازی کسر شود، اما این شرایط به‌خاطر بدهی‌ فصل‌های قبل است.الان یک مقدار ثبات مالی در باشگاه وجود دارد، ولی مشکلات همیشه ادامه دارد. پرداخت بدهی‌های قبلی نیز در همین مدیریت پیش آمد.همیشه همه چیز آن طور که ما می‌خواهیم پیش نمی‌رود. من مجددا به همه تبریک می‌گویم که واقعا تلاش می‌کنند تا پرسپولیس با ثبات باشد. باشگاهی که بیشترین تعداد و بهترین هواداران دنیا را دارد قابل تحسین است، ولی مشکلاتی داریم که کاملاً واقعی و شاید هم خطرناک است.»