چندان خاطره خوبي از مجلس ندارد و شايد هدفش از تصميم براي كانديداتوري در مجلس دهم تلاشي براي پاك كردن اين خاطرات تلخ باشد. براي او نه مجلس ششم خاطره خوبي بود و نه مجلس نهم اجازه داد او وزير بماند و حالا او قصد حضور در مجلس را دارد تا شايد بتواند تندروي‌هايي كه باعث حذف او در دو مجلس شد را به اعتدال تبديل كند. شنيده‌هاي«آرمان»حاكي از آن است كه رضا فرجي‌دانا قصد كانديداتوري براي حضور در بهارستان را دارد و در اين مسير نام او با محمدرضاعارف گره خورده است يعني در ليستي قرار خواهد گرفت كه نام معاون اول دولت اصلاحات هم در آن باشد. شايد شباهت عارف و فرجي دانا را بتوان رياست هر دو نفر بر دانشگاه تهران دانست؛ دو رئيس دانشگاهي كه در زمان حضور آنها فضاي دانشگاه با نشاط بود. حالا هر دو رئيس مي‌خواهند به مجلس بيايند و فضاي آنجا را تحت تاثير اعتدال و تدبير خود قرار دهند. 

 نخستين تجربه تلخ از مجلس در دوران اصلاحات

 فرجي دانا شخصيت آرامي دارد چنانكه از عملكرد مجلس ششم كه اكثريت آن را اصلاح‌طلبان تشكيل مي‌دادند دلخور است اما اكنون وانمود مي‌كند كه آن روزها را فراموش كرده و تاكيد دارد آرامش در نبود حاشيه و درگيري است. دكتر فرجي‌دانا در سال ۸۲ به عنوان جانشين دكترمصطفی معين كه از وزارت علوم استعفا داده بود به مجلس معرفي شد. فضاي اين راي اعتماد فضاي آرامي نبود و بخشي از وقت آن جلسه مجلس صرف انتقاد به يك شورا شد چرا كه معين در اعتراض به عدم تاييد لايحه‌اي كه نتيجه اش كاهش اختيارات اين شورا بود، استعفا داده بود. در آن جلسه چهره‌هاي اصولگرا مانند حجج الاسلام والمسلمين ابوترابي و يثربي به دفاع از فرجي دانا پرداختند و افرادي مثل پيرموذن و قوامي و پورنجاتي از مخالفان فرجي دانا بودند البته كولايي و وهابي هم در موافقت با او به پشت تريبون رفتند كه درنهايت حكم وزارت فرجي دانا صادر نشد و توفيقي توانست آراي لازم را كسب کند و به وزارت علوم برود. 

 استيضاح براي افشاگري

بار ديگري كه فرجي دانا به مجلس رفت و ناراحت بازگشت در دولت تدبير و اميد بود. اين‌بار نمايندگان براي جلوسش بر كرسي وزارت علوم به او راي دادند اما در ميانه راه و زماني كه او خواست پشت پرده بورسيه‌ها را افشا كند، مورد استيضاح قرار گرفت و بركنار شد. در ۴ خرداد ۱۳۹۳، مجتبي صديقي معاون وزير علوم و رئيس سازمان امور دانشجويان، در يك نشست خبري از پاره‌اي تخلفات كه زير عنوان بورسيه بيش از سه‌هزار دانشجوي دكتري رخ داده بود، پرده برداشت. ردّپاي دو وزير دولت‌هاي محمود احمدي‌نژاد در اين پرونده پررنگ بود؛ محمدمهدي زاهدي و كامران دانشجو. افشاي بورسيه‌هاي مذكور منجر به افزايش فعّاليت تعدادي از اعضاي جبهه پايداري در مجلس براي استيضاح فرجي دانا گرديد و فرجي دانا از تصدّي وزارت علوم بركنار شد.