وی خطاب به نمایندگان با تاکید بر اینکه همه ما اصولگرا هستیم و اصولی داریم که باید از آن دفاع کنیم، گفت: اینکه انتخابات چه می‌شود و ما نماینده می‌شویم یا خیر؟، وزیر بعدی چه می‌شود؟ و ما را تهدید کنند که اگر این وزیر برود، بدتر از این می‌کنیم و ادامه می‌دهیم! چنین می‌کنیم، مهم نیست، ما مکلف به تکلیفیم و مکلف به نتیجه نیستیم.

نماینده مردم ورامین و پیشوا در مجلس نهم با بیان اینکه امروز خطری در دانشگاه‌ها وجود دارد، گفت:‌ دانشگاه‌ها دارند آبستن فتنه جدیدی می‌شوند، از این‌رو باید به تکلیف خود عمل کنیم و به عواقب نگاه نکنیم، چرا که برخی مراجعه می‌کنند و می‌گویند دولت با شما بد می‌شود و پروژه‌های شما را متوقف می‌کند و نامه‌هایتان را جواب نمی‌دهد و از این به بعد چنین می‌شوید و چنان! اگر بشویم و همه این بلاها سر ما بیاید، از اصولمان،‌ انقلاب،‌ اسلام، خون شهدا و حجابی که همسر وزیر علوم دارد، دفاع می‌کنیم.

وی ادامه داد: بسیاری معتقدند که آقای فرجی دانا در انتصابات تأثیری نداشته و همه کاره توفیقی است و می گویند تو رو خدا فرجی دانا را نجات دهید چرا که توفیقی تمام کارهای خود را به نام فرجی دانا می زند.

نقوی حسینی با بیان اینکه آیا انتصاب میلی منفرد و همچنین توفیقی که نتوانستند به عنوان وزیر پیشنهادی از مجلس رأی اعتماد بگیرند در بدنه وزارت علوم درست است گفت: انتصاب این دو نفر بر خلاف نظر مجلس و بر خلاف نظر افکار عمومی و دلسوزان انقلاب در وزارت علوم چه پیامی دارد؟ یعنی چی؟ همین کار برای استیضاح شما کافی است.

وی ادامه داد: من دیگر به سمنانیان و خانیکی و دیگران تا دانشگاه بین المللی قزوین که 120 نفر را طی 4 ماه شما عوض کردید کاری ندارم.

سخنگوی  کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس با بیان اینکه مگر در یک دانشگاه چند پست داریم که طی 4 ماه 120 نفر تغییر می کنند، افزود: یعنی در بین 120 پست یک هیأت علمی متدین و متعهد نبود؟

وی با بیان اینکه من به دنبال رانت خواری و امتیاز گیری در این روز بزرگ نبوده و نیستم گفت: هر دولتی به من امتیازی اگر داده است اعلام کند قطعا با این صحبت هایی که کردم یعنی از این به بعد نیز به دنبال کسب امتیازی نخواهم بود.

عضو هیات رئیسه کمیسیون قضایی و حقوقی مجلس ادامه داد:  ذکر این نکته را لازم می دانم که فرجی دانا را همانگونه که آقای رئیس جمهور گفتند انسانی محترم،‌متدین و دانشمند می دانم و باور عمیق قلبی دارم و وظیفه می دانم که دولت را در انجام وظایفش کمک و همراهی نمایم اما با توجه به مطالب مطرح شده از سوی دوستان و با توجه به دلایلی که ارائه خواهد شد آقای وزیر نمی گویم شما نخواستید فضای دانشگاه ها آشفته سیاسی بشود اما می گویم و یقین دارم که شما نتوانستید این موضوع را مدیریت کنید از طرفی دیگر این مشکلات انبوه در دانشگاه ها اتفاق نیافتد و روز به روز بیشتر نشود.

غضنفرآبادی تصریح کرد: در زمان رای اعتماد به شما آقای حداد شما را انسانی متدین و توانمند خواند و ما به رای دادن به شما ترغیب شدیم و در زمان فعلی نیز دکتر لاریجانی تلاش‌های زیادی برای عدم اعلام وصول استیضاح کرد اما متاسفانه شما به همه اینها بی‌توجه بودید و آقای وزیر آیا شما فتنه را درک کرده‌اید؟ و اگر درک کرده‌اید چرا بکارگیری عناصر موثر در اتفاقات سال 88 را در وزارتخانه خود دنبال نمودید و افرادی نیز از این کار شما حمایت کردند و وزیر خارج‌نشین دولت اصلاحات رفتارهای شما را تایید نمود.

نماینده مردم بم در مجلس، موافق استیضاح در جلسه علنی مجلس بیان داشت: چرا اجازه حضور یکی از سران فتنه در دانشگاه را دادید؟

نماینده مردم تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر در مجلس شورای اسلامی با ابراز تاسف از اینکه در آستانه هفته دولت راهی جز استیضاح وزیر علوم نمانده است گفت: با این استیضاح سعی داریم مانع ایرادات اساسی در دولت و آسیب‌هایی که به ایران عزیز وارد می‌شود را بگیریم.

زاکانی اولویت اول امروز کشور را بحث فرهنگ دانست و گفت: وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مسئول جهت‌دهی علمی کشور در مسیر اقتصاد مقاومتی است و امروز برای رهایی از مشکلات باید کمر همت بست تا از موانع عبور کرده و به اهداف بالفعل و بالقوه خود برسیم.

وی اهمیت این موضوع را برای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دارای ویژگی‌های دوچندان دانست و گفت: نمایندگان محترم دولت و مجلس امروز روز امتحان ما است تا معلوم شود که منافع فرقه‌ای و جناحی را در اولویت قرار می‌دهیم یا منافع ملت را.

نماینده مردم تهران در مجلس با اشاره به اینکه استیضاح‌کنندگان عمدتا از حامیان فرجی‌دانا در روز رای اعتماد به وی بودند اظهار کرد: آنان امروز راهی بجز استیضاح برای اصلاح رویه وزارت علوم نیافتند.

علیرضا زاکانی با بیان اینکه علت اصلی طرح استیضاح قانون‌شکنی، التهاب‌آفرینی و فعال کردن همه گروه‌های فرقه‌ای و قومی و گروه‌گرا در دانشگاه به جای انسان‌سازی در این نهاد مهم است.

وی با بیان اینکه برای نمونه به چند مورد اشاره می‌کنم افزود: بکارگیری برخی مسئولان وزارتخانه بدون رعایت آیین‌نامه حراست‌ها مصوب مجمع تشخیص مصلحت نظام برای استعلام نظر وزارت اطلاعات در جهت انتساب مدیران وزارتخانه‌ها بود؛ ممکن است آقای وزیر با استعلامی که اخیراً درباره برخی مدیران از وزارت اطلاعات گرفته‌اند خود را تابع قانون نشان دهند اما سوال این است که چرا پس از یک سال و چرا بعد از طرح مسئله استیضاح اقدام به این کار کرده‌اند؟

زاکانی ادامه داد: بازگشت عناصر بی‌صلاحیت به دانشگاه‌ها دلیل دیگری برای استیضاح علوم است؛ وزیر محترم اطلاعات دولت یازدهم طی نامه‌ای رسمی به سران قوا به جذب برخی افراد محارب و آشوبگر توسط وزارتخانه علوم و دانشگاه آزاد اعتراض کرد و سند این نامه نیز هم‌اکنون پیش چشم نمایندگان قرار دارد.

نماینده مردم تهران تصریح کرد: در جلسه‌ای که با حضور وزیر علوم و وزیر اطلاعات برگزار شد آقای فرجی‌دانا تصریح کرد که دانشگاه آزاد به ما جوابگو نیست و رویه و روش جدایی را پیش می‌گیرد.

وی اضافه کرد: ما به عنوان نمایندگان مجلس با اسامی اعلام شده از سوی وزارت اطلاعات کاری نداشتیم بلکه سوالمان این بود که چرا بدون استعلام از وزارت اطلاعات این افراد جذب شده‌اند. آن هم کسانی که در آن زمان صلاحیت انتساب در این سمت را نداشتند.

زاکانی با بیان اینکه منطق ما حکومتداری درست و با ضابطه است نه حکومتداری سلیقه‌ای تاکید کرد: وزیر علوم به نامه وزیر اطلاعات عمل نکرد.

نماینده مردم تهران اعتراض دیگر استیضاح‌کنندگان را به موضوع هیات‌های جذب اساتید و انتخاب روسای دانشگاه‌ها عنوان کرد و افزود: علی‌رغم اعتراض شورای عالی انقلاب فرهنگی این رویه غلط ادامه پیدا کرد؛ طبق آیین‌نامه روسای دانشگاه‌ها با معرفی وزیر و تایید شورای عالی انقلاب فرهنگی محسوب می‌شود اما آقای فرجی‌دانا به بهانه کسب نظر اساتید هیات‌های سه نفره‌ای را به دانشگاه‌ها فرستاد که منشأ التهاب‌آفرینی و اختلاف به این دانشگاه‌ها شدند و بعضا با انتخاب‌های سلیقه‌ای التهاب‌آفرینی کردند.