آنها سال ٦٦ از هم جدا شدند؛ در اصل مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت منشعب شد. بین سال‌های ٨٤ تا ٨٨ یک بار به خواست مقام معظم رهبری در کنار جامعه مدرسین حوزه علمیه قم دعوت به همکاری و همراهی شدند. آن‌طور که گفته شده، یکی، دو جلسه هم برگزار شد اما به نتیجه نرسید و ادامه نیافت. مصباحی‌مقدم، سخنگوی جامعه روحانیت مبارز که تقصیر این گسست را گردن مهدی کروبی، دبیر‌کل وقت مجمع روحانیون، انداخته است، به‌تازگی برای برگزاری دوباره نشست‌های مشترک اعلام آمادگی کرده است. اگرچه به نظر می‌رسد گفته‌های مصباحی‌مقدم بیشتر از نوع تعارفات در فضای رسانه‌ای است تا استراتژی یک تشکل. همچنان که بعید است آن سو در مجمع روحانیون مبارز هم چنین قصد و غرضی در کار باشد. فاصله بین این دو نهاد روحانی به‌ویژه در سال‌های اخیر و رخدادهایی که بر سر برخی اعضای آن به‌ویژه مجمع روحانیون مبارز رفته‌ آن‌قدر عمیق و مهم است که عملا چنین امکانی را سلب می‌کند. از یک سو در جامعه روحانیت مبارز طیفی وجود دارد که حتی ایده‌های مرحوم هاشمی‌رفسنجانی و حسن روحانی را هم برنمی‌تابد، چه برسد به نشست‌و‌برخاست با اعضای مجمع روحانیون که به نسبت رادیکال‌تر بودند یا هستند. تا‌جایی‌که در ماجرای انتخابات مجلس خبرگان در سال ٩٤ هم، همان طیف به‌شدت با آمدن نام هاشمی در فهرست جامعه روحانیت مخالف بودند. از سویی دیگر برخی از مهم‌ترین چهره‌های مجمع روحانیون مبارز مانند مهدی کروبی، رئیس دولت اصلاحات و حتی موسوی‌خوئینی‌ها در این سال‌ها درگیر ممنوعیت‌های ناخواسته یا محدودیت‌های خود‌خواسته‌‌ای شده‌اند که تقریبا رسیدن به یک فصل مشترک حتی در قالب نشست و جلسه را غیرممکن می‌کند. 

اگرچه گاه‌به‌گاه عضوی از این یا آن تشکل در نشستی یا میزگردی مشترک حاضر می‌شوند. مثلا مصباحی‌مقدم از جامعه روحانیت و مجید انصاری از مجمع روحانیون مبارز در سایت جماران و مصباحی‌مقدم و محمدعلی ابطحی از مجمع روحانیون مبارز در سایت خبرآنلاین چندی پیش مناظره داشتند و درباره مسائل مختلف گفت‌وگو کردند. اتفاقا یکی از مواردی که در میزگرد خبرآنلاین مطرح شده بود، اشاره به همان دعوت مقام معظم رهبری از این دو تشکل و درخواست برای برگزاری جلسات مشترک بین آنها بود. غلامرضا مصباحی‌مقدم دیروز در نشست خبری گفته است: «در سال ۸۴ مقام معظم رهبری سه تشکل جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، جامعه روحانیت مبارز و مجمع روحانیون مبارز را جداگانه دعوت کردند و خواستند که این تشکل‌های سیاسی جلسه بگذارند که جامعه مدرسین و جامعه روحانیت این جلسه را برگزار کردند اما در جلسه‌ای که جامعه روحانیت در تهران برگزار کرد، آقای کروبی که لیدر مجمع روحانیون بودند، اظهار کردند که نمی‌شود با هم وحدت داشته باشیم و گفت‌وگو کنیم؛ چراکه شما در جایگاه قدرت هستید و ما در قدرت نیستیم. شما تأیید صلاحیت و رد صلاحیت می‌کنید و ما را کنار می‌گذارید و دستگاه قضائی دست شماست و محاکمه می‌کنید و شورای نگهبان را در اختیار دارید و در تأیید و رد صلاحیت‌ها اقداماتی دارید که آیت‌الله مهدوی‌کنی فرمودند این جایگاه‌ها جایگاه جامعه روحانیت نیست و به‌عنوان یک تشکل صحبت می‌کنیم و اگر مشکلی دارید، باید با همان دستگاه بحث کنید. کروبی بیان می‌کرد که ائمه جمعه در دست شماست و تریبون نماز جمعه و منبرها در دست شماست که این حرف‌ها بوی ناسازگاری می‌داد و بعد از آن میزبان باید مجمع روحانیون مبارز می‌بود اما جلسه‌ای برگزار نشد. بنابراین ما استقبال کردیم، الان هم ما حرفی نداریم اما تبعا باید دوستان بپذیرند که اگر بنای گفت‌وگو نشست است، باید اصول مشترک را بپذیریم و کمیته‌ای بنشیند و این اصول مشترک را تدوین کند که البته مشترکات ما کم نیست و بسیار زیاد است و همه ما اسلام، انقلاب، رهبری و امام را قبول داریم و تبعيت از رهبری را قبول داریم که شاید در آن شدت‌و‌ضعف وجود داشته باشد اما نقاط اشتراک زیاد است و احیانا ارزش‌های مورد نظر ما باید مطرح شود که تعداد اشتراکات آن کم نیست».

بااین‌حال دیروز مصباحی‌مقدم برای گفت‌وگو پیش‌شرط‌هایی هم گذشته است. مثلا او به حوادث ٨٨ اشاره کرده و معتقد است آن رخدادها فاصله بین آنها و مجمع روحانیون را بیشتر کرده است. او گفته است: «برای نزدیکی گروه‌های سیاسی به‌ویژه روحانیت نیازمند تغییر مواضع اصلاحی و تندروی‌ها هستیم و ما مواضع تندی نسبت به دوستان آن‌طرف نگرفتیم و همیشه مواضع معتدل بوده و انتظار داریم که اصلاحی در مواضعشان صورت گیرد تا امکان نشست فراهم شود. وقتی که مجمع روحانیون شکل گرفت به ذهنم آمد که روحانیون همیشه از قبل از انقلاب یکپارچه بودند اما امام مصلحت دانستند و این نظرها و اختلاف عقیده‌ها طبیعی است و آن را نفی نمی‌کنیم اما نباید این اختلافات عمیق می‌شد و متأسفانه این اختلافات عمق هم پیدا کرده است».

در اسفند سال ١٣٦٦ مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز تهران منشعب شد ولی پس از انتخابات مجلس سوم در سال ٦٧ و پس از نامه به امام در فروردین ٦٧ و جواب امام بود که این مجمع رسمیت یافت. اختلافات اگرچه ریشه‌دار بود اما بهانه اصلی کنارگذاشتن هادی غفاری و فخرالدین حجازی از فهرست انتخاباتی جامعه روحانیت بود. علت مخالفت هم آن بود که طیف راست جامعه روحانیت معتقد بود این افراد صلاحیت حضور در مجلس را ندارند و حائز ویژگی‌های کافی نیستند. در این زمان سیدمحمد خاتمی و موسوی‌خوئینی‌ها با مهدی کروبی ملاقات کرده و پیشنهاد انشعاب را مطرح کردند. سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور (از اعضای برجسته مجمع روحانیون) نقل کرده است: «در این زمان آقای سیدمحمد خاتمی و موسوی‌خوئینی‌ها به دیدن آقای کروبی رفته و با توجه به جمع‌بندی‌های به‌عمل‌آمده درباره عملکرد جامعه روحانیت مبارز پیشنهاد انشعاب و تأسیس یک تشکیلات روحانی مستقل از جامعه روحانیت مبارز مطرح شد؛ از این رو تصمیم بر این شد که آقای کروبی و موسوی‌خوئینی‌ها درباره تشکیل این تشکیلات جدید با امام صحبت کنند و نظر موافق ایشان را جلب کنند و با توجه به آنکه در آن زمان آقای کروبی در بیمارستان بستری بود، آقای خوئینی‌ها به‌تنهایی در اسفند ١٣٦٦ با امام ملاقات کرد و برخلاف آنچه برخی تصور می‌کردند، امام با ایجاد انشعاب در جامعه روحانیت موافقت کردند.