نیم فصل اول در حالی که باقری بعد از نیمکتنشینی و سکونشینیهای متعدد برای جدایی با استقلال به توافق رسیده بود و رابطه چندان مناسبی هم با منصوریان نداشت، به یکباره به دلیل محرومیت آبیها از نقل و انتقالات و منتفی شدن حضور چشمی و آندو تیموریان در نیم فصل دوم، منصوریان تغییر روش داد و با درخواست ماندگاری باقری، او را به عنوان یکی از نفرات مورد نیازش معرفی کرد. باقری در نیم فصل دوم اگرچه بیشتر از نیمه اول لیگ شانزدهم به میدان رفت اما باز هم شرایطش به صورتی نبوده که راضی به ماندن در استقلال شود. به خصوص که مشتریان زیادی هم خواهان این هافبک تدافعی هستند. حتی از پرسپولیس و برانکو هم نام برده میشود. اما باز هم منصوریان این بازیکن را در سایه قرار داده و در نظر دارد ابتدا تکلیف امید نورافکن و ابراهیمی مشخص شود تا درباره او تصمیم بگیرد. اگر سرمربی آبیها موفق به تمدید قرارداد امیدها شود، به جدایی باقری رضایت میدهد و او بازیکن مازاد خواهد بود. اما اگر امیدها از استقلال جدا شوند، باقری سرنوشتی متفاوت پیدا میکند و به بازیکن موردعلاقه منصوریان بدل میشود.